東京都に生まれる。１８６３年父の死去のため家督を相続し佐倉に帰郷。翌年佐倉藩の絵氏黒沼槐山に花鳥画を学ぶ。１８７３年上京し、箕作塾で英学を学び、１８７６年国沢新九郎の彰技堂に入門。初めて西洋画の初歩を学び、工部美術学校に入学してフォンタージに師事する。１８７８年フォンタネージの帰国後、後任のフェレッティを不満として美術学校を退学。１８９９年明治美術界を創立。１８９８年東京美術学校教授となる。１９００年渡仏し、パリ近郊のグレーなどに滞在。１９０２年パリを立ち、イタリア、ドイツ、イギリスを巡歴して帰国。東京美術学校を辞し、京都工芸学校教授に就任して京都に移る。１９０３年自宅に聖護院洋画研究所を創設。１９０６年関西美術院を開設し、初代院長となる。（「みづゑのあけぼの　三宅克己を中心として」図録　１９９１年）