明治２８年（１８９５）大津市丸屋町（現中央２丁目）に生まれる。旧姓溝上。大正２年（１９１３）３月、県立大津高等女学校を卒業、４月には奈良女子高等師範学校国語漢文部に入学し、撰修課目に図画を選んだ。奈良女高師で学んだ二人の先生がのちに画家をめざす方向を決定づけた。一人は図画教授の横山常五郎で、菱田春草と東京美術学校で同期であり、一期上の横山大観や下村観山とともに親しかった。もう一人は日本史の教授であった、水木要太郎で、彼は古美術に造詣が深く、安田靫彦とも親交があった。大正９年（１９２０）に横浜の捜真女学校の講師となり、この年の６月、安田靫彦を単身で訪ね入門した。大正１５年（１９２６）第１３回院展に「胡瓜」が初入選し、昭和７年（１９３２）６月、女性としては初めて日本美術院同人に推挙される。その後昭和１３年（１９３８）１２月禅徒小倉鉄樹と結婚し、北鎌倉の鉄樹庵に住む。昭和２２年（１９４７）の第３２回院展に「磨針峠」を出品するが、敗戦後の混乱と日本画の危機が叫ばれた時期に発表された名作である。昭和５１年（１９７６）に日本芸術院会員となり、昭和５５年（１９８０）１１月、文化勲章を受章。この年、滋賀県立近代美術館のために自作２０年を寄贈する。昭和５９年（１９８４）１０月、滋賀県立近代美術館開館記念として「小倉遊亀回顧展」を開催する。平成２年（１９９０）４月、日本美術院理事に就任する。（「滋賀県立近代美術館所蔵作品による　日本画に見る画家のまなざし」図録　１９９８年）